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《Nature Communications》报道我校生命迷信学院乔云波副传授研讨团队三代测序的最新研讨功效

泉源:     作者:    编辑:chen    公布工夫:2020-05-28 14:27    点击数: Views

2020年5月27日,国际学术期刊《Nature Communications》(IF=11.8)报道了我校生命迷信学院乔云波副传授研讨团队,行使三代测序高精度正文晚期小鼠胚胎转录组的最新研讨功效。 

小鼠晚期胚胎是研讨生命从受精卵到着床前囊胚的主要研讨模子,其转录组、表观修饰组(包罗DNA甲基化、组卵白修饰、染色体三维构造等)曾经被迷信家普遍研讨,以期展现晚期细胞运气决议的秘密。但是,晚期的研讨均行使二代测序完成,需凭据Reference Genome对测序数据举行比对和拼接,以取得完好的基因组学信息,因而该方式获得的效果具有肯定的范围性和禁绝确性。

该研讨中,研讨职员行使基于SMART-Seq2的方式,优化了样本网络和cDNA扩增流程,并取得足量的cDNA举行基于Pacific Biosciences平台的三代测序,即单分子测序手艺,该测序基数不需求经由PCR扩增,完成了对每一条DNA分子的独自测序,因而不需求测序数据拼接即可取得全长的DNA序列。

终极,该研讨完成了精子、卵细胞、合子、二细胞、四细胞、八细胞、囊胚合计七个样本的三代测序,并同步举行了二代测序。经过生物信息学剖析,合计取得了2280个潜伏的全新转录本(非正文区)和6289个新的剪切体(正文区)。随后对其卵白编码才能、守旧性、组卵白修饰在其启动子区的富集情形等,多维度证实了这些新转录本的牢靠性,并取得了上千个高可信度的全新转录本。同时,研讨职员整合二代和三代测序数据,对曩昔的转录组数据举行校正,从而取得了更为正确的转录组图谱。基于数据发掘,研讨职员校正了小鼠Kdm4dl的编码框,而且发明了一个新的lncRNA(XLOC_004958),这两个基因均在二细胞期高表达。经过基于CRISPR/Cas9的基因敲除和显微注射手艺,研讨职员发明这两个基因均对囊胚的正常发育至关主要,基因敲除会招致胚胎非常发育。



小鼠晚期胚胎基于三代测序的高精度转录组测序

 

因而,本研讨行使三代测序,高精度地正文了晚期胚胎发育的转录本及其表达谱,为晚期胚胎发育范畴提供了名贵资源,为研讨晚期胚胎发育和细胞运气决议提供参考信息。

本研讨由我校生命迷信学院精准基因编辑工程中央乔云波副传授研讨团队,与军事医学迷信院放射与辐射医学研讨所舒文杰传授团队、中国迷信院神经迷信研讨所刘真传授团队互助完成。杏彩app客户端下载为第一完成单元,我校硕士研讨生林健香、武素素也介入了该事情。本事情获得国度重点研发设计、国度天然迷信基金、广东省天然迷信基金等的鼎力赞助和支持。

 

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